L'affectation du budget mobilité dans le pilier 2 peut se faire de différentes manières :
les moyens sont directement affectés via l'employeur et sont décomptés du budget mobilité;
les moyens sont avancés par le travailleur et remboursés par l'employeur;
on opte pour une combinaison des deux systèmes.
Quand le travailleur avance les moyens entièrement ou partiellement, l'employeur détermine quelles pièces justificatives doivent être présentées pour prouver la dépense.
Il n’y a pas de formalités spécifiques imposées. Il incombe à l’employeur, en cas de contrôle social ou fiscal, de fournir la preuve, au moyen des pièces justificatives transmises par le travailleur, que l’affectation dans le pilier 2 satisfait aux conditions légales (p.ex. que les intérêts d’un emprunt hypothécaire ont trait au domicile du travailleur dans un rayon de 5 km - à vol d’oiseau - de son lieu normal d’occupation).
Si une carte de paiement ou une application est utilisée, l'employeur doit veiller à ce que ces instruments puissent être utilisés uniquement pour le financement des modes de transport durables.